Do độ cao và tính giữ nước của đá sa thạch mà thảm thực vật ở đây có phần phong phú hơn so với khu vực sa mạc lân cận. Tại đây bao gồm một khu rừng rất đa dạng các loài đặc hữu và bị đe dọa như Bách Sahara và Hương đào Sahara ở nửa phía đông của khu vực. Tassili n'Ajjer thuộc hệ sinh thái Rừng cây bụi vùng núi Tây Sahara.

Về động vật, tại đây từng tồn tại một quần thể Cá sấu Tây Phi cho đến thế kỷ 20.[8] Nhiều loài động vật khác vẫn tồn tại trên cao nguyên trong đó có cả Cừu Mouflon, loại động vật có vú lớn nhất còn sót lại được miêu tả trong các bức tranh đá của khu vực.[7]